【Single-Cell Sequencing 單細胞定序】10X Genomics CMO的Demultiplexing

CMO是指Cell Multiplexing Oligo (CMO)，是10X 的 feature barcode，在細胞進入GEM之前進行標記，通常用來區分read的類型（例如：一組是treated，一組normal），這裡介紹下機之後，要如何手動做read的demultiplexing拆分，把read按照CMO的標記分組。

CMO格式

CMO 的R2 前15個bp(也就是0-14)是 feature barcodes，就是用來區分不同sample的序列，其種類有CMO301-CMO312總共有12種。具體內容可以下載自

按照10X的說明文件：

，的p75說明圖表，其後面會接著Capture Sequence 2，其為一串固定的22bp的序列，也就是下圖中的GCTCACCTATTAGCGGCTAAGG。（由右往左看)

接下來就是12bp的UMI，以及10X cell Barcode37-64，上述整理成下表，可以對應上圖的圖示（由右往左看)

• 0-14 :  CMO feature barcodes(N15)
• 15-36 : Capture Sequence 2 (GCTCACCTATTAGCGGCTAAGG)
• 37-48 : UMI(N12)
• 49-64 : 10X barcodes(N16) 

了解CMO的格式之後，就可以用程式做demultiplexing了。

楊 明翰

是一個對 “下一個世代” 的醫療科技充滿熱血的 Bioinformatican

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